如何设计pcr引物（设计pcr引物遵循的原则）

金生 02-21 473

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摘要： 想要了解如何设计pcr引物的知识吗？本文将以简洁明了的方式，深入探讨设计pcr引物遵循的原则的各个方面，相信会给您带来新的启发。本文目录一览：1、PCR的引物怎样设计,...

想要了解如何设计pcr引物的知识吗？本文将以简洁明了的方式，深入探讨设计pcr引物遵循的原则的各个方面，相信会给您带来新的启发。

本文目录一览：

1、PCR的引物怎样设计,
2、pcr扩增中,如何设计引物?
3、【科研】PCR引物设计原则
4、怎么设计引物
5、如何设计pcr引物
6、pcr引物设计的基本原则有哪些

PCR的引物怎样设计,

引物最好在模板cDNA的保守区内设计。 DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。在NCBI上搜索不同物种的同一基因，通过序列分析软件（比如DNAman）比对（Alignment），各基因相同的序列就是该基因的保守区。

引物的长度一般为15-30bp，常用的是18-27bp，但不应大于38，因为过长会导致其延伸温度大于74℃，不适于TaqDNA聚合酶进行反应。

引物5撇端可以修饰。引物3撇端不可修饰。引物3撇端要避开密码子的第3位。引物设计需要注意的地方很多，在大多数情况下，我们都是在知道已知模板序列时进行PCR扩增的。

pcr扩增中,如何设计引物?

1、引物之间：两个引物之间不应有多于4个的互补或同源碱基，不然会形成引物二聚体，尤应避免3’端的互补重叠。

2、引物的长度一般为15-30bp，常用的是18-27bp，但不应大于38，因为过长会导致其延伸温度大于74℃，不适于TaqDNA聚合酶进行反应。

3、引物设计是决定PCR反应成败的最重要因素。引物设计有两个主要考虑因素：特异性和扩增效率。特异性是由错配的频率决定的，特异性差的引物易产生错误的扩增产物。扩增效率是指引物以每循环增加两倍扩增产物达到理论最优的能力。

4、pcr扩增中，如何设计引物？引物5撇端可以修饰。引物3撇端不可修饰。引物3撇端要避开密码子的第3位。引物设计需要注意的地方很多，在大多数情况下，我们都是在知道已知模板序列时进行PCR扩增的。

5、引物设计原则：长度： 18~30 bp， 20 bp左右最为常用。引物过短易导致非特异性打增；较长引物特异性强，但退火效率低，且易形成二级结构，从而导致PCR产量少。

【科研】PCR引物设计原则

遵循原则如下：引物长度：引物的最佳长度为24或25个碱基左右。但是如果需要调整Tm值，引物的长度可以控制在21至28个碱基之间。当扩增≥10 kb长片段时，25-35个碱基之间的引物可以提供更好的结果。

引物自身及引物之间不应存在互补序列。引物5′端和中间△G值应该相对较高，而3′端△G值较低。引物的5′端可以修饰，而3′端不可修饰。扩增产物的单链不能形成二级结构。1引物应具有特异性。

PCR引物设计的11条黄金法则引物最好在模板cDNA的保守区内设计。DNA序列的保守区是通过物种间相似序列的比较确定的。遵循原则如下：引物长度：引物的最佳长度为24或25个碱基左右。

怎么设计引物

1、引物3’端的碱基一般不用A。引物3’端的碱基一般不用A，因为A在错误引发位点的引发效率相对比较高。引物3’端出现3个以上的连续碱基，如GGG或CCC，也会使错误引发机率增加。

2、引物设计原则长度：15—30bp，其有效长度[Ln=2（G十C）十（A十T）]一般不大于38，否则PCR的最适延伸温度会超过Taq酶的最佳作用温度（74度），从而降低产物的特异性。

3、引物之间：两个引物之间不应有多于4个的互补或同源碱基，不然会形成引物二聚体，尤应避免3’端的互补重叠。